# ========= [INFO] ==========
# Mut inCB: not accepter mutation in BC
# Mut inMS: 2
# InputBAM: 8-N3-12cycles-IDT.A15.merged.withUMI.group.identity.bam
# seq_deb : CATGTAGTC
# seq_fin : TCTCT
# MS_seq : A
# excl : C,G,T
# nom  : A15
# typeF: IDT
# log file: 8-N3-12cycles-IDT.A15.merged.withUMI.group.identity.A15.seq.log
# =============================
#
#-------------- Filt ------------------
# condiGrep: CATG.AGTCA.+AAA.+A.CTCT|CATG.AGTCA.+AAA.+AT.TCT|CATG.AGTCA.+AAA.+ATC.CT|CATG.AGTCA.+AAA.+ATCT.T|CATG.AGTCA.+AAA.+ATCTC.|CATGT.GTCA.+AAA.+A.CTCT|CATGT.GTCA.+AAA.+AT.TCT|CATGT.GTCA.+AAA.+ATC.CT|CATGT.GTCA.+AAA.+ATCT.T|CATGT.GTCA.+AAA.+ATCTC.|CATGTA.TCA.+AAA.+A.CTCT|CATGTA.TCA.+AAA.+AT.TCT|CATGTA.TCA.+AAA.+ATC.CT|CATGTA.TCA.+AAA.+ATCT.T|CATGTA.TCA.+AAA.+ATCTC.|CATGTAG.CA.+AAA.+A.CTCT|CATGTAG.CA.+AAA.+AT.TCT|CATGTAG.CA.+AAA.+ATC.CT|CATGTAG.CA.+AAA.+ATCT.T|CATGTAG.CA.+AAA.+ATCTC.|CATGTAGT.A.+AAA.+A.CTCT|CATGTAGT.A.+AAA.+AT.TCT|CATGTAGT.A.+AAA.+ATC.CT|CATGTAGT.A.+AAA.+ATCT.T|CATGTAGT.A.+AAA.+ATCTC.
# condiSet1: s/\t.*CATG.AGTCA/\tA/;s/\t.*CATGT.GTCA/\tA/;s/\t.*CATGTA.TCA/\tA/;s/\t.*CATGTAG.CA/\tA/;s/\t.*CATGTAGT.A/\tA/
# condiSet2: s/A.CTCT.*$/A/;s/AT.TCT.*$/A/;s/ATC.CT.*$/A/;s/ATCT.T.*$/A/;s/ATCTC..*$/A/
#--------------------------------------
